El bloque fue creado en 1992 por el entonces presidente colombiano César Gaviria, con el propósito específico de capturar vivo o muerto al zar de las drogas Pablo Escobar, quien se había fugado de la lujosa prisión de La Catedral. 
También pretendía la captura de sus socios más cercanos. Sin embargo, el Bloque de Búsqueda había sido activado originalmente en el segundo semestre de 1989, para enfrentar al cartel de Medellín, con el nombre inicial de Grupo Élite.
Así operó hasta mediados de 1991, cuando dejó de funcionar en respuesta a la entrega de Pablo Escobar. Pero la fuga del capo precipitó su re activación en agosto de 1992, con la misma línea de mando del Grupo Élite.
Su comandante original fue el coronel Hugo Martínez Poveda. Los miembros del bloque recibieron entrenamiento de parte de las Fuerzas Especiales del Ejército de los Estados Unidos y fueron especialmente seleccionados por no presentar sospechas en su contra respecto a corrupción policial, contar con la seguridad de permeabilidad frente a los sobornos pagados por los carteles de narcotráfico y por no tener ningún contacto con los diferentes carteles.
Durante el transcurso de su misión, el Bloque de Búsqueda debió enfrentar varios obstáculos, tales como la presencia de un espía infiltrado dentro del mismo,[cita requerida] y acusaciones de colaboración con el grupo armado irregular opuesto a Escobar conocido como Pepes (sigloide de “Perseguidos por Pablo Escobar”).
Dichas sospechas acerca de justicia por mano propia llevaron a que la embajada de los Estados Unidos en Bogotá pusiese momentáneamente en duda su apoyo a la operación, la cual consistía en la provisión de una pequeña avioneta equipada con un sofisticado sistema de intercepción de comunicaciones a bordo, con el objetivo de rastrear y determinar -dentro del área metropolitana de Medellín- la ubicación exacta desde donde Pablo Escobar se comunicaba telefónicamente con sus familiares, socios o allegados.
De esa forma, mientras Pablo estaba hablando por teléfono con su propio hijo (con el propósito de concertar o en su defecto triangular una entrevista clandestina con una periodista), el Bloque de Búsqueda finalmente logró dar con su paradero el 2 de diciembre de 1993, cuando este último terminó muerto después de un breve intercambio de disparos con policías pertenecientes al mismo.
Luego del eventual desmantelamiento del Cartel de Medellín a partir del súbito fallecimiento de su líder máximo, el Bloque de Búsqueda en Medellín fue denominado «Cuerpo Antinarcóticos del Valle del Aburra». El Bloque de Búsqueda fue transferido a la ciudad de Cali (capital del departamento colombiano del Valle del Cauca), con el propósito de combatir al Cartel de Cali el cual era rival del primero teniendo como primer golpe la captura del jefe de finanzas de la organización Guillermo Pallomari seguido un año después con las capturas de los hermanos Miguel Rodríguez Orejuela y Gilberto Rodríguez Orejuela el abatimiento de Jose Santacruz Londoño y la presión ejercida hacia Elmer Fransisco Herrera Buitrago causando su entrega a la justicia al igual que su socio Víctor Patiño Fómeque.
El Bloque de Búsqueda fue reactivado en 2004 para combatir a los traficantes de cocaína y heroína que operan en el sudoeste de Colombia. La entonces nueva misión del mismo fue enfocarse en el llamado Cartel del Norte del Valle y arrestar a su líder, Diego León Montoya Sánchez.
Golpes al Cartel de Medellín
Como Grupo Elite
23 de noviembre de 1989: operativo relámpago en la hacienda El Oro, de Cocorna (Antioquia). Escobar logró escapar, pero mueren dos de sus lugartenientes ―uno de ellos su cuñado, Mario Henao Vallejo―, y 55 fueron detenidos.
14 de junio de 1990: En un apartamento de Medellín es eliminado el jefe de sicarios de Escobar, John Jairo Arias Tascón alias Pinina.
12 de agosto de 1990: es asesinado Gustavo Gaviria Rivero, primo y mano derecha de Pablo Escobar.
21 de enero de 1991: en un doble operativo adelantado en Medellín y Rionegro son abatidos dos de los temibles hermanos Prisco Lopera.
Como Bloque de Búsqueda
28 de octubre de 1992: Brances Alexander Muñoz alias Tyson, unos de sus jefes militares del Cartel, es abatido.
27 de noviembre de 1992: Abatido Johny Rivera Acosta «el Palomo» y dos guardaespaldas en Itagüí (Antioquia).
1 de marzo de 1993: Es abatido Hernán Darío Henao “HH”, jefe de seguridad del cartel de Medellín,
19 de marzo de 1993: Es abatido luego de un nutrido tiroteo contra el Bloque de búsqueda, Mario Castaño Molina “El chopo”, jefe de sicarios de Pablo Escobar (luego de la muerte de «Pinina»).
6 de octubre de 1993: Cae Alfonso León Puerta Muñoz El Angelito, último miembro de importancia del ala militar del cartel de Medellín.
2 de diciembre de 1993: Es abatido en Medellín por 15 miembros del Bloque de Búsqueda, Pablo Emilio Escobar Gaviria, «El patrón». Junto a él muere su guardaespaldas, Álvaro de Jesús Agudelo (alias El Limón). Es el fin del Cartel.
ACTUALIDAD. El bloque de búsqueda sigue siendo unidad activa de la policía nacional, pero solo se activa en momentos y circunstancias especiales, como un grupo armado, grupo delincuencial, o criminal por el que se considere objetivos de alto valor o de carácter especial. La mayoría de personal de este bloque son de unidades de operaciones especiales como el GOES, COPES, COMANDOS JUNGLA, COR, entre otros. También por unidades de inteligencia, contrainteligencia e investigación criminal, como la DIJIN, SIJIN, SIPOL y DIPOL. Después de cumplir la misión contra estos grupos y haber asegurado su desaparición, el personal vuelve a sus unidades y comandos operativos hasta que sean nuevamente convocados. Es con esto que el bloque de búsqueda no es una unidad permanente dentro de la institución.